Por ese día te refieres al domingo?, por cercanía, yo haría harakuju por la mañana, y shibuya y shinjuku por la tarde, ya que están muy cerca.
De Nikko... pues eso supongo que quedará a tu gusto y tranquilidad. Por lo que comentan por ahí, la distancia en kilómetros es más que suficiente para que sea seguro. Pero si prefieres no ir y quedarte más tranquila, eso ya son quizás cuestiones personales.
En cuanto a las obras, puse aqui mi opinión:
viewtopic.php?f=30&t=1825Organizar las cosas para ver es "facil". Siempre habrá mil cosas más para ver que tiempo disponible, asi que es cuestión de priorizar y luego ir ampliando a lo que de tiempo. De todos modos, no te tomes el itinerario a rajatabla, si ves que alguna cosa te gusta mucho, y otras no tanto, pues párate donde realmente lo pases bien.
Por ej. yo tenía puesto Akihabara una tarde y al final acabé yendo 4 o 5 tardes... XDDD
Kioto lo distribuiría así:
en los dias enteros:
-un día iría en bus al este ,a ginkakuji e iría bajando, andando incluso, viendo todos los templos de noreste a sureste hasta acabar en el kiyomizudera (para visitarlo en torno a las 4-5 de la tarde y hacer el tiempo por ahí y ver el atardecer desde el mirador del templo).
-Un día iría a ver la zona noroeste, arashiyama y los 3 templos del norte (kinkakuji, etc)
quizás, el día de llegada de Hakone, como ya se van a perder varias horas diurnas entre que llegas y haces el checkin, no te de para mucho, asi que quizás la mejor opción, y de paso te sitúas por la ciudad, sea ver lo más cercano a la estación de tren, castillo Nijo, sanjusangendo...
Y el tiempo que "sobre" de Kioto, alguna excursión, por ej. Fushimi inari hacerla un día distinto del de Nara, ya que quizás quieras aprovechar el tiempo en Nara al máximo y por tanto no te daría tiempo a verlo. Y por la zona (mismo tren) también hay una parada llamada Uji, que puedes ver o bien a la vuelta de Nara, o bien el dia que vayas a ver Fushimi inari.
Si aún así te sobra tiempo (media mañana al menos), el último día te podrías plantear una excursión (en bus), al norte de Kioto, a un pueblecito llamado Ohara.
Y todo ello "aderezado" con dos paseos por la tarde a Osaka (entre las 5 de la tarde y las 10 de la noche, da para ver algo...) y otras dos tardes dedicarlas a Pontocho y Gion y alrededores...
Ale, Kioto "liquidado".

Tokio ya es más tema personal de los gustos de cada uno.
Lo imprescindible, es el domingo de harajuku y yoyogi. shibuya, shinjuku...
Ueno, parque y museos es para echar bien una mañana entera...
Asakusa bien lleva una tarde entera, entre visitar alrededores, templo y calle Nakamise (a la que seguro que querrás repetir).
Akihabara, se sea friki o no, un vistazo se lo hay que echar.
Y a partir de ahí, lo que se quiera y dé tiempo.
Yo por ej. no perdono ni perdonaré el no ir a ver el museo Ghibli , ya fuí 2 veces y seguiré yendo
Como soy un friki, a akihabara suelo dedicarle varias visitas, y también al centro comercial de Nakano.
Odaiba es un buen sitio para visitarlo, para mi gusto, de noche, para ver el puente rainbow y la torre de Tokio al fondo.
shibuya y shinjuku es un sitio al que se puede repetir, ya que hay bastantes tiendas (las famosas de moda "109"... etc). En shinjuku hay un mirador gratuito en el edificio del ayuntamiento al que iría de noche...
Una mañana iría a ver el mercado de Tsukiji, a ver el templo zozoji y a ver la torre de Tokio...
Hasta aqui, lo que en mi opinión, es lo más importante... el resto supongo que será que echeis un vistazo a alguna guia, de papel o por internet, y mirar ideas propias de qué quereis visitar o no...
(por ej. se de una que fué a visitar varios sitios que salian en varias series y anime que veía ella... XDD)