Mmmmm.... es un tema "delicado"... depende de muchos factores, de donde está el tatuaje, de como es de grande... de a qué ciudad o a qué onsen quieras ir...
Normalmente los tatuajes están muy mal vistos en Japon (algo más de info, aqui:
viewtopic.php?f=12&t=2206 )
Todo dependería de lo grande que es el tatuaje y si lo puedes tapar o disimular con algo... Yo tengo visto a chicas taparse con una tirita, o con un trozo de esparadrapo, el tatuaje en cuestión... también me parece recordar ver a alguien con una camiseta blanca (supongo que por tapar un tatuaje).
Me puedo equivocar, pero no es algo que se pueda saber a ciencia cierta (buscando info en la web, por ej.).
Y también depende, como decía, de a donde vayas a ir...
Por ej. en el famoso Takaragawa onsen, tengo entendido que sí dejan pasar con tatuajes (pero os pilla muy a desmano si ya teneis el itinerario planificado).
En el yunessun de Hakone, si "recomiendan" que no se enseñen los tatuajes... pero creo que no prohiben la entrada a quienes los tengan, solo les piden que no se vean.
Dependerá , supongo, de lo grande que sea el sítio y lo público que sea...
También te puedes encontrar hoteles (ryokanes), con pequeños onsen privados (poco más que un ofuro), en casi cualquier ciudad