Desde un punto de vista friki (

), no dejaría el museo Ghibli para el final... lo intentaría meter antes, porque si eres solo la décima parte de friki que yo, después andarás mirando en tiendas (akihabara, nakano... incluso hay una cerca de la estación de tren de Kamakura) para comprar alguna chorradita de ghibli...
Por no mencionar que dejaría el sábado 8 libre para hacer compras y dar los últimos paseos (o repetir alguna cosa)... hacer las compras.. . y la maleta, ojo. Tendrás que hacer pruebas de espacio y de peso, para ver que seas capaz de cerrarla... XDDD
En cuanto a pelis de Ghibli, ya viste quizás la más ... "significativa", yo de ti procuraría ver (para mi ) las dos mejores pelis de Ghibli: La princesa mononoke y el viaje de chihiro. y quizás también: Laputa, castillo en el aire.
Con estas 4, así que recuerde de memoria, es de lo que más cosas encontrarás en el museo... (lo digo más que nada para que no vayas al museo y no te suenen de nada lo que ves... si ya viste la peli, quizás aprecies y te guste más lo que veas en el museo).
En cuanto al jrp. No es mala idea activarlo cuando dices...
pero qué opinas de hacerlo, en vez del sábado 25, el lunes 27 para ir a Nikko? te quedaría el jrp activo hasta el último día, y no tendrías que pagar el tren de regreso al aeropuerto... (y especulando que quizás el último día, si ya tienes todo visto, quieras ir a varios sitios como Nakano, akihabara, asakusa... etc para hacer las últimas compras)
Y tendrías 2 opciones:
ver Kamakura y Yokohama sin jrp... o dejar ese día para ver lo que pretendes ver el viernes 7 de septiembre, y ese propio viernes 7 de septiembre ir a kamakura y Yokohama, con jrp.
a lo que mencionas del dinero... si, quizás sea un poco justito, pero teneis la ventaja de que teneis jrp activo casi todos los dias del viaje, y eso es un dinero que os ahorrais... es dificil hacer una estimación, porque igual algunos dias os sobra de esos 60 €, pero en otros os quedais cortos.
Pero, como mencionas, lleva una cantidad de euros en efectivo, y si os hace falta, los cambiais en alguna casa de cambio, y sino, pues os los traeis de vuelta.
y lo mismo con los hoteles, yo llevaría el dinero en efectivo, en yenes, para pagar los hoteles, y luego, según como vayais viendo los gastos, podríais decidir pagar algún hotel con tarjeta y así ahorraros los yenes que teniais destinados a ese hotel.
(ah, y yo el lunes 3 de septiembre, es cuestión de gustos, yo no iría a Kanazawa... no me pegaría un viaje largo solo para ver el jardín de Kanazawa... si quieres, piensate el hacer alguna excursión más cercana como IgaUeno, Uji, Ohara...
Uji lo puedes meter en el martes 28, que queda cerca de fushimi y solo te ocupa una hora o dos...
y Ohara e IgaUeno, son excursiones de medio día, por lo que podrías hacer ambas en un mismo dia, por ej. ese lunes 3...)