Aunke siempre he sido partidario de k el Jrp sea de menos dias de los k viajas, moviendote por la zona en la k llegas/sales los dias k te sobran, en tu caso si no sabes cuantos dias estaras en tokyo puedes pillarte mas dias de jrp y asi ver mas sitios y mas lejanos.
Los primeros dias en tokyo, despues activar los 21 dias de jrp y ver todo hasta el dia anterior volver a tokyo a hacer compras y vuelo.
Por ejemplo siguiendo la guia k xansolo te ha puesto, podrias ampliarla kitando dias de Tokyo, y hacer algo asi si kieres ver kyushu, eso si, los transportes son mas jodidos, asi k irias moviendo mas las maletas de un lado a otro:
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07: nara ( base kyoto )
08: osaka ( base kyoto )
09: osaka ( base kyoto, yo usaria 2 dias solo )
10: himeji ( base kyoto )
11: hiroshima ( base hiroshima )
12: miyajima ( base hiroshima )
13: fukuoka ( base fukuoka )
14: nagasaki ( base fukuoka )
15: beppu ( base beppu, o volver a tokyo )
16: monte aso ( base beppu )
17: takachiho / kagoshima ( base takachiho / kagoshima, o beppu si vuelves por el este, si vas en shinkansen desde el oeste, k es mas rapido, las maletas te las tendrias k llevar ese dia )
Y despues regreso a tokyo, llegarias a la tarde saliendo pronto, aunke con 2 dias menos
Estos dias de Kyushu son intercambiables tambien con un dia en Futamira, otro en Ise, k son la meca del shintoismo, en la prefectura de Nara, cerca de Kyoto.
O tambien puedes ir a Amano Hashidate, uno de los 3 lugares mas bonitos de japon ( se dice ) k esta al norte de Kyoto, ya en el mar interno entre china y japon.
Eso si, si prefieres ahorrarte la pasta y estar mas dias en Tokyo, mas vale no comerse la olla en ir a mas sitios, asi k no me hagas mucho caso
