5 horas a takaragawa? donde viste eso? desde Tokio, si miras la web de hyperdia:
http://www.hyperdia.com/en/es: Tokyo-takasaki-minakami: 130 minutos (Yo no fuí nunca, y no sé exactamente como es, pero, aparentemente, es llegar allí, y luego coger un bus... previa reserva).
Eso, como veas, ya que sería salir de Tokio sobre el mediodía... ya que supongo que el mérito es aprovechar un tiempo en los onsen... así que supongo que falta hará salir sobre las 12-1, para llegar allí entre las 2 y las 3, para pasar la tarde en los onsen, cenar y dormir...
dia 26: El domingo por la mañana (puedes permitirte el lujo de no madrugar XDD), yo iría primero a Harajuku... dar un paseo por el puente y los dos parques... templo incluido... si aún no ves gente disfrazada, puedes hacer tiempo dando un paseo por la calle Takeshita que es una perpendicular a la carretera principal que pasa por allí...
Shinjuku y Shibuya sí te daría tiempo a verlos por la tarde, por dos motivos: ni lleva mucho tiempo, y además, si se te hace de noche... mejor. son aún más bonitos de ver, sus famosos cruces con los carteles luminosos y abarrotado de gente...
El palacio imperial, no perdería el tiempo en ir a verlo. Los jardines son muy sosos, y del palacio no ves nada, solo un trozo de muro exterior. para mi, una pérdida de tiempo.
Los ryokanes de Miyajima ya no son baratos... así que, "simplemente", elige uno que esté muy cerca del santuario itsukushima, para poder dar un paseo por la noche, que es muy bonito. Como dices, como es solo una noche, igual te vale la pena gastar algo más, y buscar un ryokan que sea algo más especial (a ser posible con onsen, por ej.). (pidelo con desayuno y quizás cena incluidos, ya que allí te va a ser dificil encontrar para comer fuera...)
Ginza, shibuya, shinjuku (no olvides ir al mirador gratuito del ayuntamiento), ginza...mmm... incluso akihabara... y, por supuesto, odaiba, son barrios que tienen tanto atractivo de dia como de noche, para mi, incluso más de noche. asi que no te preocupes, tu vete a ver lo que te apetezca, cuando te apetezca, que si se te hace de noche (en torno a las 5 de la tarde o poco más...

), aún te quedarán muchas cosas por ver. No tienes que ir tal dia a tal sitio, vete a tu ritmo, el itinerario solo es una "lista de cosas para ver".
22 de Agosto, miércoles: TOKYO. Llegada a las 10.20 al Aeropuerto de Narita. Akihabara.
23 de Agosto, jueves: TOKYO. Norte: Ueno y Asakusa.
24 de Agosto, viernes: Noche en Takaragawa Onsen.
25 de Agosto, sábado: TOKYO. Kamakura.
ver otra cosa...26 de Agosto, domingo: TOKYO. Centro: Palacio Imperial y Edificio de la Dieta. Oeste: Shinjuku, Harajuku y Shibuya.
27 de Agosto, lunes: TOKYO.
Kamakura por la mañana y por la tarde...Yokohama.
28 de Agosto, martes: TOKYO. Hakone.
NikkoPara qué "bajar" a ver el Fuji y luego volver a "subir" a Tokio, para ir a Nikko? te vale la pena verlo primero y luego, por ejemplo, mandas las maletas por transporte al hotel de Kioto y tu te vas con una simple mochila, y una muda de ropa, a Hakone y a ver el Fuji..., así, cuando llegues a Kioto, las maletas ya estarán esperando en el hotel.29 de Agosto, miércoles: TOKYO. Lagos del Fuji.
30 de Agosto, jueves: TOKYO. Nikko.
Hakone (por lo dicho antes)31 de Agosto, viernes: TOKYO. Osaka.
No le dedicaría un dia entero a Osaka, sino una o dos tardes, aprovechando primero las mañanas en ver templos de Kioto, por ejemplo1 de Septiembre, sábado: KYOTO. Barrios del este.
2 de Septiembre, domingo: KYOTO. Barrios del norte, zona comercial y Palacio Imperial.
quizás te valga la pena ir en tren jr a arashiyama, verlo por la mañana unas horas, y a la vuelta ver los 3 templos del norte de Kioto3 de Septiembre, lunes: KYOTO. Por la mañana Nara, después Fushimi Inari.
4 de Septiembre, martes: HIROSHIMA - MIYAJIMA. Noche en Miyajima.
5 de Septiembre, miércoles: KYOTO. Pasar la mañana en Hiroshima y vuelta a dormir en Kyoto.
6 de Septiembre, jueves: KYOTO. Visita al castillo de Nijo. Barrio de las Geishas, Gion.
el palacio imperial te queda cerca del castillo de Nijo, igual puedes pasarlo para ese dia... el barrio de las geishas, aunque se haga de noche, no hay problema, incluso tienes más opciones de ver alguna y de dar un paseo nocturno por pontocho y gion7 de Septiembre, viernes: TOKYO. ¿Ginza?¿Puroland?
8 de Septiembre, sábado: TOKYO. Mercado de Tsukiji. Barrios del sur: isla de Odaiba.
no haría estas dos cosas el mismo dia... uno implica madrugar mucho, y el otro acostarse tarde... sería un dia muy largo, quizás te valga la pena ir a tsukiji otro dia distinto... y a Odaiba también, por ej. el dia 7... y deja esta tarde del último dia para hacer las últimas compras y dejar el dia medio "libre" por si te quedó algo olvidado sin ver...9 de Septiembre, domingo: TOKYO. Salida a las 12 de vuelta a casa.
De todos modos, espera a tener los dias exactos de los vuelos, para hacer el itinerario definitivo... yo, si se puede elegir, adelantaría la partida a Kioto aún más, para dejar más dias al final en Tokio (por ej. ir a Kioto el lunes 27... y dejar las excursiones de Tokio para el final )ya que quizás apetezca ir más a relajarse al Takaragawa onsen hacia el final del viaje, cuando supuestamente estareis algo más cansados, que al principio de todo, cuando casi acabais de llegar...